با افول سلسله زنديه بار ديگر حكومت و فرمانروايى از دست ايرانيان خارج گرديد و طايفه قاجار كه اصلا از نژاد مغول بودند، زمام امور را به دست گرفت .
اينان هنگام تشكيل حكومت صفويه به يارى آنان برخاستند و دوشادوش ‍ لشكريان قزلباش ، در ركاب شاه اسماعيل شمشير زدند. پس از آن كه شاه عباس به سلطنت رسيد، آنان را از محل اصلى خود كوچانيد دسته اى را در مرو، عده اى را در گرجستان و دسته سوم را در دو سوى رودخانه گرگان (استراباد) مستقر ساخت . از اين طايفه ، آنان كه در سمت راست گرگان سكونت داشتند. يوخارى باش و عده اى را كه در سمت چپ رودخانه گرگان سكنى گزيده بودند، اشاقه باش خوانده مى شدند، و بين آنان غالبا بر سر امور مادى و اقتصادى نظير آب ، چراگاه و غيره اختلاف و نزاع بود.
پس از حمله افاغنه - چنان كه ديديم - فتحعلى خان قاجار، كه از قبيله اشاقه باش بود، نخست به يارى شاه سلطان حسين ، به اصفهان رفت و چون از وى استمداد نجستند، وى بار ديگر به استراباد برگشت و به يارى شاه طهماسب دوم برخاست و در صفر 1139 ه .ق به دست يكى از افراد ايل و به تحريك نادر، از بين رفت .
نادر، پس از آن كه با نيرنگ ، كار فتحعلى خان را يكسره نمود قبيله يوخارى باش را مورد لطف خود قرار داد و محمدحسن خان را به حكومت گرگان و استراباد فرستاد، ولى محمدحسن خان ، پسر فتحعلى خان ، از بيم نادر مدت ها متوارى بود.
وى پس از قتل نادر به استراباد و مناطق ساحلى بحر خزر را متصرف شد و سرانجام در سال 1173 ه .ق در راه مخالفت با كريم خان زند كشته شد. كريم خان دختر وى را به زنى گرفت و از 9 پسر محمدحسن خان ، دو تن ، يعنى آغا محمد خان و حسينقلى خان جهانسوز را به شيراز برد و چون مردى با صفا و نيك نفس بود حسينقلى خان را به حكومت دامغان فرستاد، ولى او راه عصيان پيش گرفت و به دست تركمانان كشته شد. آغا محمد خان تا مرگ كريم خان ، يعنى تا سال 1193 ه .ق در شيراز بود.
آغاز حكومت قاجاريه  
 پس از مرگ خان زند، آغا محمد خان به مازندران رفت و به مخالفت با زنديه برخاست و با غلبه بر جعفر خان زند، تهران را به پايتختى برگزيد. البته در تغيير سلسله زنديه به قاجار، حاج ابراهيم كلانتر كه از بزرگان متنفذ شيراز بود نقش مهمى داشت نخست در اثر مساعى حاجى ابراهيم كلانتر، لطفعلى خان ، فرزند جوان جعفر خان بر اريكه سلطنت جلوس كرد ولى بعدها به لطفعلى خان خيانت ورزيد و شيراز را تسليم آغا محمد خان قاجار كرد و در عوض اين خيانت و خدعه ، به مقام صدراعظمى ارتقا يافت .
لطفعلى خان زند، چندى در كرمان در مقابل آغا محمد خان ، مقاومت نمود و بالاخره در نتيجه خيانت اطرافيان ، اسير آغا محمد خان شد و رييس ايل قاجار با دست خود چشمان او را از حلقه درآورد.


جنگ بين محمد حسن فرزند امينه و كريم خان داماد امينه و شوهر خديجه ادامه مييابد تا سرانجام محمد حسن به  دست عوامل كريم خان كشته ميشود .امينه دخترش را قبلا " به خاطر دلاوريهاي كريم خان به او داده بود ومحمد  نوه امينه در دربار عادلشاه اسير بود و بوسيله عادلشاه او را  عقيم كردند و هيچوقت نتوانست زندگي زناشويي داشته باشد ويا بچه دار شود ،كريم خان زند توانست حكومت زندها را برقرار كند كه بعدها در اثر بيماري و پيري ميميرد واين دفعه به خاطر سياست هاي امينه ودلاوريهاي آقا محمد خان حكومت به دست آنها ميافتد و حكومت قاجار شروع ميشود .

 پسر بزرگ امينه محمد حسن صاحب دو پسر بنامها ي محمد و حسينقلي ميشود . محمد همان است كه بعدها لقب آقا محمد خان قاجار سرسلسله ي قاجار است را يدك ميكشد و بچه دار هم نميشودچرا كه طايفه ي زند او را عقيم كرده بودند . اماامينه نوه ديگري بنام حسينقلي داشت برادر آقا محمد خان كه زني بنام ماه رخساردارد وصاحب پسري به نام فتحعلي هستند .

 حسينقلي در يكي از جنگها كشته شده بود امينه ماه رخسار رابه عقد آقا محمد خان در مياورد وفتحعلي را به عنوان وليعهد وجانشين آقا محمد خان ميخواند و به فتحعلي  توصيه ميكند زنان زيادي بگيرد تا بچه هاي زيادي داشته باشد و جانشين پادشاه بايد كسي باشد كه مادرش  قجر باشد و اين تا پايان حكو مت قاجار به جز يك  مورد  رعايت ميشد و اين امرباعث اختلافاتي بين پسران شاه ميشود .